生物光子学研究院是华南师范大学第一个以科研为主的研究型学院，于2009年1月以激光生命科学教育部重点实验室、光子中医学实验室为核心单位组建，立足新兴交叉学科生物光子学基础与应用研究，以发展生命体结构与功能信息的光子学检测技术为核心，开展从基因水平、分子水平、细胞水平、到组织水平的多层次、多模式、全方位的无损、快速生物光子学诊断方法和监测技术，其研究内容涵盖了光子学技术与生物医学、农业、环境科学等的前沿交叉领域。
研究院现有教职工41名，其中中科院院士1名，国家杰出青年1名，博士生导师12名，教授级人员14名，副教授级人员13名，具有博士学位人员34名，国外留学回国人员6名，形成了以院士、中青年学科带头人为骨干的优秀学术队伍，科研队伍平均年龄降低到40岁以下；并于2008年获“教育部长江学者与创新团队计划”资助；研究院科研人员连续4年担任国际光学界最具影响力的美国Photonics West大会生物光子学会议主席；三位教授分别被选为美国光学学会（OSA）和国际光学工程学会（SPIE）的Fellow。
研究院建成了一套完整的“硕士-博士-博士后”高层次、多学科交叉的人才培养体系，现有博士学位点5个，其中包括光学国家重点学科，生物物理学、生物医学光子学、声学、分析化学；硕士学位点5个，其中包括光学、光学工程、生物物理学、声学、分析化学；博士后流动站2个，其中包括物理学、生物学（生物光子学方面）；已培养出一批高素质、高层次的科研人才。研究院十分注重开展学术交流，促进对外的学术联系和合作，以提高各学科点在国内外的学术地位。
研究院以科学创新为原始动力，以国际领先为直指目标。（1）近五年来新增国家“973”计划课题2项，“863”计划课题1项，教育部创新团队项目1项，国家自然科学基金广东省联合基金重点项目1项、国家自然科学基金仪器专项2项等40余项国家级课题。（2）已在国际顶级期刊 Chemical Review、Nano Letters、Phys Rev Lett、Small、Biomaterials等发表300余篇SCI论文，主要论文被Nature、Nat. Biotechnology、Nat. Rev. Cancer、Chem. Rev.等顶级刊物大量引用，SCI期刊论文他引超过5000次；（3）2008年获美国医学物理学会“Sylvia Sorkin Greenfield Award”奖；1996年、2005年度广东省自然科学一等奖2项；2000、2008、2009年度广东省自然科学二等奖3项； 2012年度获教育部高等学校科学技术奖二等奖1项。
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